二月二十一日に学位を辞退してから、二カ月近くの今日（きょう）に至るまで、当局者と余（よ）とは何らの交渉もなく打過ぎた。ところが四月十一日に至って、余は図（はか）らずも上田万年（うえだかずとし）、芳賀矢一（はがやいち）二博士から好意的の訪問を受けた。二博士が余の意見を当局に伝えたる結果として、同日午後に、余はまた福原（ふくはら）専門学務局長の来訪を受けた。局長は余に文部省の意志を告げ、余はまた局長に余の所見を繰返して、相互の見解の相互に異なるを遺憾（いかん）とする旨を述べ合って別れた。
　翌十二日に至って、福原局長は文部省の意志を公けにするため、余に左（さ）の書翰を送った。実は二カ月前に、余が局長に差出した辞退の申し出に対する返事なのである。
「復啓二月二十一日付を以て学位授与の儀（ぎ）御辞退相成（あいなり）たき趣（おもむきの）御申出相成（あいなり）候処（そうろうところ）已（すで）に発令済（はつれいずみ）につき今更（いまさら）御辞退の途（みち）もこれなく候間（そうろうあいだ）御了知相成たく大臣の命により別紙学位記（がくいき）御返付（おかえしつけ）かたがたこの段申進（もうしすすめ）候（そうろう）敬具」
　余もまた余の所見を公けにするため、翌十三日付を以て、下に掲ぐる書面を福原局長に致した。
「拝啓学位辞退の儀は既に発令後の申出にかかる故（ゆえ）、小生（しょうせい）の希望通り取計らいかぬる旨（むね）の御返事を領（りょう）し、再応（さいおう）の御答を致します。
「小生は学位授与の御通知に接したる故に、辞退の儀を申し出でたのであります。それより以前に辞退する必要もなく、また辞退する能力もないものと御考えにならん事を希望致します。
「学位令の解釈上、学位は辞退し得べしとの判断を下すべき余地あるにもかかわらず、毫（ごう）も小生の意志を眼中（がんちゅう）に置く事なく、一図（いちず）に辞退し得ずと定められたる文部大臣に対し小生は不快の念を抱くものなる事を茲（ここ）に言明致します。
「文部大臣が文部大臣の意見として、小生を学位あるものと御認めになるのはやむをえぬ事とするも、小生は学位令の解釈上、小生の意思に逆（さから）って、御受をする義務を有せざる事を茲に言明致します。
「最後に小生は目下我邦（わがくに）における学問文芸の両界に通ずる趨勢に鑒（かんが）みて、現今の博士制度の功（こう）少くして弊（へい）多き事を信ずる一人なる事を茲（ここ）に言明致します。
「右大臣に御伝えを願います。学位記は再応御手許（もと）まで御返付致します。敬具」
　要するに文部大臣は授与を取り消さぬといい、余は辞退を取り消さぬというだけである。世間が余の辞退を認むるか、または文部大臣の授与を認むるかは、世間の常識と、世間が学位令に向って施（ほどこ）す解釈に依って極（き）まるのである。ただし余は文部省の如何（いかん）と、世間の如何とにかかわらず、余自身を余の思い通（どおり）に認むるの自由を有している。
　余が進んで文部省に取消を求めざる限り、また文部省が余に意志の屈従（くつじゅう）を強（し）いざる限りは、この問題はこれより以上に纏（まと）まるはずがない。従って落ち付かざる所に落ち着いて、歳月をこのままに流れて行くかも知れない。解決の出来ぬように解釈された一種の事件として統一家、徹底家の心を悩ます例となるかも分らない。
　博士制度は学問奨励の具として、政府から見れば有効に違いない。けれども一国の学者を挙げて悉（ことごと）く博士たらんがために学問をするというような気風を養成したり、またはそう思われるほどにも極端な傾向を帯びて、学者が行動するのは、国家から見ても弊害の多いのは知れている。余は博士制度を破壊しなければならんとまでは考えない。しかし博士でなければ学者でないように、世間を思わせるほど博士に価値を賦与（ふよ）したならば、学問は少数の博士の専有物となって、僅かな学者的貴族が、学権を掌握（しょうあく）し尽すに至ると共に、選に洩（も）れたる他は全く一般から閑却（かんきゃく）されるの結果として、厭（いと）うべき弊害の続出せん事を余は切に憂うるものである。余はこの意味において仏蘭西（フランス）にアカデミーのある事すらも快よく思っておらぬ。
　従って余の博士を辞退したのは徹頭徹尾（てっとうてつび）主義の問題である。この事件の成行（なりゆき）を公けにすると共に、余はこの一句だけを最後に付け加えて置く。