距今大约1万1千年前，古富士的山顶西侧开始喷发出大量熔岩。这些熔岩形成了现在的富士山主体的新富士。此后，古富士与新富士的山顶东西并列。约2500-2800年前，古富士的山顶部分由于风化作用，引起了大规模的山崩，最终只剩下新富士的山顶。

据估计，距今1万1千年前到8千年前的3000年间，新富士山顶仍在不断喷发出熔岩。此后，山顶部没有新的喷发，但是长尾山和宝永山等侧火山仍有断断续续的喷发活动。

史上关于喷发的文字记载有：公元800年-802年（日本延历19-21年）的“延历喷发”，以及864年（日本贞观6年）的贞观喷发。富士山最后一次喷发是在1707年（日本宝永4年），这次由宝永山发出的浓烟到达了大气中的平流层，在当时的江户（现称东京）落下的火山灰都积有4厘米厚。此后仍不断观测到火山性的地震和喷烟，一般认为今后仍存在喷发的可能性。

根据东京大学地震研究所于2004年4月进行的钻探调查，在上述的3座山体下仍存在更为古老的山体。这第4座山体被命名为先小御岳。