镰仓时代
12世纪末，源赖朝受封第一代征夷大将军，并在镰仓建立幕府，从此诞生了武士政权，由此产生了武家政治和公家（指朝廷公卿，贵族）政治的对立。13世纪后期，幕府的武士统治开始面临困难，镰仓幕府逐渐走上灭亡的道路。
在文化方面，以过去的贵族文化为基础，摄取宋朝时传入日本的禅宗文化，培育了生动、写实、朴素、独特的武家文化。在宗教方面，由法然、亲鸾、日莲等著名僧人创建了镰仓佛教，获得了各阶层的信仰。12世纪传入日本的禅宗受到了关东武士的重视，艺术领域也出现了新的倾向。文学方面出现了以源平合战为背景的小说《平家物语》（原作诞生于13世纪初），是日本古代军记物语的杰出代表。

室町时代
14世纪的前半期，征夷大将军足利义满稳定了京都的室町幕府以后，2个多世纪内在政治、文化方面，武家都压倒公家，处于优势。由于室町幕府是聚集了各有力大名而建立的，因此幕府本身的统治能力薄弱。应仁元年（1467年）一月，应仁之乱爆发，全国各地的大名纷纷而起，室町幕府摇摇欲坠，日本进入战国时代。战国大名成了统治当地土地、人民的强有力的独立政权。
在文化方面，无论是贵族还是武家的文化，都受到禅宗的影响。14世纪末期以金阁寺为代表的北山文化，15世纪末期以银阁寺为代表的东山文化都十分发达。16世纪中叶，葡萄牙人、西班牙人来到日本，传入了枪炮和基督教。那是文化方面充满生气的时代。

战国时代（室町末期及安土、桃山时代）
应仁之乱后，日本各地大名纷纷崛起，战火纷飞，民不聊生。16世纪中叶，一位决心以武力统一日本、结束乱世的枭雄出现，他就是织田信长。永禄三年（1560年），织田信长在桶狭间以两千人马击败今川义元四万大军，名声大振。尔后逐步统一尾张、近畿，并准备进攻山阴、山阳。在此期间，信长修筑了气势宏大的安土城。因此，信长的时代被称为“安土时代”。
天正十年（1582年），本能寺之变爆发，信长身亡。织田家重臣羽柴秀吉先后击败明智光秀、柴田胜家，确立了自己的继承人地位。此后经过四国征伐、九州征伐、小田原之战，逐步统一日本。后被天皇赐姓“丰臣”，并受封“关白”一职。
丰臣秀吉的时代被称为“桃山时代”。
庆长三年（1598年），丰臣秀吉在伏见城病逝。丰臣家裂分为近江（西军）和尾张（东军）两派。身为丰臣政权五大老之一的德川家康于庆长五年（1600年）发动关原合战，大败西军，建立德川政权。庆长八年（1603年），德川幕府建立，战国时代结束。