醍醐天皇登基后，藤原时平和菅原道真分别担任朝廷的左右大臣，菅原道真出身平民，藤原时平同他的矛盾日益加深。901年，藤原时平妄说，菅原道真想要密谋废立，让醍醐天皇的胞弟齐世皇子篡位，因而策动醍醐天皇将菅原道真贬黜，赶出朝廷。朝廷大权再次落入藤原氏手里。宇多法皇闻知后，立刻来到宫中，想为菅原道真求情。但皇宫被藤原家的亲信派兵把守，宇多法皇在宫门外等了一夜，竟然见不到醍蝴天皇。他只好黯然离去，从此再也不过问世事，一心钻研密宗佛法。931年，终老于仁和寺中，享年65岁。

醍醐天皇时代是日本从唐风文化向和风文化转型的时代，宫廷贵族文化开始形成，所以后世文人学者将这个时期视为理想的圣代。

菅原道真被贬到九州之后，于903年郁悒而亡。这之后的909年，正值年富力强的藤原时平竟死于39岁的盛年。923年，藤原时平的妹妹所生皇太子夭折。人们把世间的这些灾异都看作是菅原道真的冤魂在作祟，醍醐天皇连忙为他恢复名誉。可是925年，藤原时平的外孙刚刚被立为太子就死去了，年仅5岁。这一来，使醍醐天皇疑神疑鬼变得精神十分紧张。930年夏天，几个朝廷大臣在雷雨中被雷击死。醍醐天皇受惊吓得病，只好让位给太子。他不久在46岁的壮年死去。