应仁之乱以后进入战国时代，原先占据着大量领地将军和守护大名，两只手终于抱不住这一大堆土地，地方上升始出现新兴的实质上领导独立政治实体的战国大名，而将军的政令仅行于山城一国尚且捉襟见肘。大名、豪族们争夺幕麻权力时，武士中最高地位的将军往往成为牺牲品，被逐出京都是家常便饭。寻求庇护的他们很容易论为拥的野心的大名的傀儡。大名们之所以要利用将军，主要是由于将军名义上的权威地位尚存：幕府拥有对守护职的任命权，也几乎没有战国大名愿意公然违抗将军家。把将军纂在手心里意味着可以名正言顺地：扶将军以令诸侯”，因而能够统兵进京是战国大名们梦寐以求的事。在永禄十一年（1568）织田信长进京之前，把握京都实权的先后主要有大内义兴（驻留京都约十年）和三好长庆（控制京都纳五年），两者都以将军为傀儡，维持残破不堪的室町幕麻体制。除此而外的进京名人还有上杉谦信和今）11义元。前者是战国大名中为数不多的忠于室町幕府的人物之一，永禄二年（1559）率兵五千进京，主要是接受关东管领一职以及充当三好氏与将军家之间的“维和部队”；今川义元出身足利将军同族的名门，且拥的控制京烧的雄心和与之相称的实力，可惜这些连同他的性命都在永禄三年的进京作战中因当时名不见座传的织田信和的意外破坏而烟消云散。

室町幕府第十三代将军足利义辉（1536－1565）于天文十五年（1546）即位，实权操纵在幕府管领细川家手中。天文十九年随着细川睛元与家臣三好长庆争夺畿内霸权的失败而被放逐至近江，直到永禄元年（1558）才与三好长庆议和回到京都，依仗上杉谦信、斋藤义龙、织田信和等大名的支助，才得以在三好长庆的控制下度日。常玩《信长》或《太阁》系列的玩友容易产生这样的错觉：足利义辉是被三好长庆攻杀的。其实三好长庆未必有武将军之心，况且他先于义辉一年便已病死。这对于义辉是摆脱三好家控制的机会，然而可能也间接导致了义辉的死亡。永禄八年（1565）五月十九日，三好义继、松永久秀和三好三人众（三好长逸、三好政康、岩成友通）合谋在二条御所暗杀了久辉。义辉是家卜传的剑术弟子，勇敢地舞刀以寡敌众而战死，年三十岁。死前的英勇多少为他留下了一些美名。

义辉死后，三好家内部在将军继承人的问题上产生了分歧和争斗，势力渐衰。义辉之弟，原本在奈良兴福寺出家的足利昭（1537－1597）在细川藤孝、和田推政等人的帮助下外逃至越前，想依靠朝仓义景的力量再起。在了解到朝仓义景并无上京作战之意后便投奔了歧阜的职田信长。永禄十一年九月，信长拥义昭进京，以迅雷不及掩耳之势平定京线，十月义昭就坐上了将军的宝座。

义昭对于信长的果敢利落非常满意，然而信长却不同于大内义兴和三好长庆，一开始就表现出更彻底的统一雄心。他拒绝担任昭授予的副将军成幕府管领务，表明自己不是将军之从属和不依靠到町幕府的残破体制的态度。经过一个短暂的表面上风平浪静的时期，义昭发觉自己是个地道的傀儡，在永禄十二年至元龟三年（1569－1572），信长连续就义昭的权限和言行提出指责，尤其指出不经馆长同意不能擅自决定问题。这些举动无疑使义阳由感激转为僧恨。不甘于现状的义昭利用自己公有的权威，向周围反信长势力发出大量讨伐信长的密情，编织了“信长包围网”。据说，这种成功不能完全取决于义昭的努力，真正的幕后策划者是“甲斐之虎”武田信玄。