日本平民教育的普及以及大学教育的机会均等化，对日本的经济增长和竞争力的不断加强作出重要贡献。但随着而来的问题是，教育逐渐形成一种僵化的体制，难以随现实需求的变化而调整。每个家庭都把学生的考试成绩与未来的工作和前途相联系，孩子们白天在国立或昂贵的私立中学读书，平时的晚上和周末还被家长送到私立的专业课程班继续读书。日本的中小学也实行类似中国减轻学生负担的改革，但结果与中国一样，也是与改革的初衷相逆，因为家长们更多的把孩子送到各种昂贵的课程班学习，竞争的战场从学校搬到校外，而这校外的竞争战场是与家庭的财力相联系的，国家平民教育的平等化功能被校外的高费课程班所扭曲。大学的老师们更通过各式各样的考试，把教育变成一种人为的游戏：通过那些成绩好的学生能够得到政府公务员或大公司职位的示范效应，家长和老师都督促学生考取好成绩，而学生们则拼命记忆各种考题的答案，积攒学分，不记学分的课程和研讨会很少有人光顾，而老师们为了适应竞争的激烈，则进一步加强试题的变化和难度。在这种游戏中，大家追求学分的分层和排名，谁也不去考虑这种好的成绩到底意味着什么，而用人单位也只看大学的牌子，反正新人招募进来还要重新培训。

　　日本大学的老师，享受的是比现在的中国还要“大锅饭”的体制，没有太多的竞争，大家都论资排辈，等着前面的位子空出来，若有人自命不凡有非分之想，必然遭到众人非议而难以出头，所以青年教师首先要学会夹着尾巴做人。筑波大学名誉教授白川英树荣获2000年度诺贝尔化学奖，在日本学术界引发了巨大的冲击波。因为此前他没有任何头衔，在日本的学术界根本不被看重，以致在瑞典皇家科学院宣布获奖人名单后，日本有关部门和传媒都不知道这个“白川”是何许人。

　　僵硬的体制和应试教育，让年轻一代出现厌学之风，解决实际问题的能力下降。《日本经济新闻》刊登的对100名日本企业家的调查显示，他们中56%的人认为，现在的日本大学生最欠缺的是“主动发现和解决问题的能力”。许多企业对本国大学失去了信心，不再给它们提供赞助，而将资金投往国外的大学和研究所，因为这样可以获得更高的人才回报。

　　在经济高度增长时期，日本的教育提供了人才的支撑，也受到普遍的赞誉。很多西方的学者，把日本的重视教育视为日本成功的“秘密武器”。但今天，时过境迁，经济出现长期低迷，僵硬刻板的教育体制受到日本国民的普遍批评，认为这种注入式、标准化的教育过分整齐划一，导致孩子的个性受到压抑，实际能力下降，过去的教育体制已经与经济全球化和信息一体化潮流不相适应，必须加以改革。

　　社会各界的知名人士、企业家和教育专家，也都出面呼吁政府加快进行教育改革。有的提出，应废除大学考试制度，引入更加合理、有效的机制；也有的提出，应废止政府各种对大学的管制，彻底改变将大学作为行政管理对象的做法，将其作为教育服务产业；还有的提出，为实现技术立国的长远目标，大学改革的关键是创办有特色的、满足多样化需求的大学，与企业建立更密切的产学合作。2002年10月，就像中国的大学建立配以政府大量资助的“研究基地”一样，日本50所大学的113项研究课题被选入了“21世纪COE（最尖端研究基地）计划”。根据这个计划，政府把资金重点分配给具有高水平的研究生院的研究基地。

　　与此同时，在经济高潮时期迅速增加和膨胀的大学，在社会和经济的变动中，受到现实生源的威胁，一些私立大学首当其冲受到重创。泡沫经济破灭的噩梦似乎要在大学重演。

　　由于出生率不断下降的影响，日本18岁人口由1992年高峰的205万人，锐减到2004年的119万人，大学入学人数的大量减少，使一些私立大学经营出现赤字，严重影响到它们的生存。据日本教育专家估计，全日本有五分之一的四年制私立大学面临经营危机和破产的威胁。由著名教育家中村忠一撰写了《大学的破产》一书，预言日本将会有200多所私立大学面临破产危险，在本来就已经不平静的水面又投下一块激起波浪的巨石。

　　历来养尊处优的国立大学也不再风平浪静。在教育改革的强烈呼声和政府压缩财政开支的背景下，小泉内阁在推进邮政、高速道路公团等政府事业部门民营化的同时，也提出了一系列高等教育改革法案。其中的《国立大学法人法》已在国会通过，于2004年4月正式实行。

　　根据《国立大学法人法》，日本的国立大学改为独立大学法人，改变原有的国立大学教职工的国家公务员资格，减少国家预算的支出，大学教育在内容、学位授予、经营管理上都将逐步摆脱国办教育的传统。该项法案还具体提出，要将日本现有的99所国立大学进行适当的整编组合，组建89个国立大学法人。新的大学法人制度主要内容包括：1. 大学实行自主运营管理；2. 设立“经营协议会”通盘筹划资源利用；3. 建立新的运营机制、聘请校外人士参加经营管理；4. 建立新的人事体制、实行工薪与能力、业绩挂钩，允许教师兼职，强化产学研结合；5. 实行“后检查制度”，由第三者对大学的教育、研究成绩进行检查。

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