长崎饮食文化的代表有烧酒和火锅菜肴。长崎一带的烧酒配以各种菜肴，形成了独特的烧酒文化。热乎乎的炸鱼丸子、生鱼、生鸡肉片、黑猪肉等作为佐酒菜，用黑色的萨摩烧日本酒杯斟酒，别有一番情趣。

另外，临山傍海的自然环境使火锅种类繁多，游客可以品尝山珍海味。除了卓袱菜、中国风味的日本菜，长崎还有正宗的中国菜。筑町市场、馆内市场都是长崎市民大快朵颐的地方。从东中国海到大村湾、五岛等处，均是鲜鱼满仓。

长崎蛋糕

蛋糕是长崎最著名的点心。大约４００年前，日本人从葡萄牙人那里引进了蛋糕的制法。１６４２年创建的福砂屋就开始制造这种外表素雅，味道香醇的蜂蜜蛋糕。后来许多糕点店纷纷在传统风味上下功夫，形成了长崎蛋糕的独特滋味。

强棒拉面

这是长崎“新地中华街”最著名的料理。创始人是明治时代在长崎照顾中国留学生饮食的四海楼首代掌门陈平顺。把猪肉、小虾、鱼板、白菜等加在一起热炒，然后烩在面上，就制成了美味可口的强棒拉面。

唐墨

将乌鱼卵用盐腌制，去掉盐汁，就制成了乌鱼子。由于形状像中国的墨，所以也称唐墨。把乌鱼子微微熏烤后，切成薄片就可以下酒了。

长崎汤面、盖浇面

柔韧的面条加上放有各种蔬菜和海鲜的热汤，吃起来相当可口，是最具有长崎特色的平民风味。味美价廉，营养丰富。

桌袱筵席

融合了中国、西洋和日本特色的豪华筵席。

此外壹岐烧酒是世界名牌产品。五岛手拉面条日本三大面条之一。