首先很重要的原因是有法律的保障。早在1897年，日本就制定了有关预防传染病的第一部法律——《传染病预防法》。1998年，日本出台了《关于传染病预防及传染病患者医疗的法律》，该法对传染病预防体制、各级政府和医疗人员的职责、传染病的信息收集、患者诊断、消毒、新传染病的应对及医疗费用的负担等方面都做了详细的规定，从而使得相关方面在传染病出现时能各司其职，把疾病控制在最小范围。

        实现防控传染病的目标也有赖于一个完善的医疗卫生体系。根据《地方保健法》，日本各都道府县及重要城市建立了近600个保健所，它们与医院、地方卫生研究所、各市町村的保健中心等形成了一个监控疫情的严密网络。

        除此之外，日本还时刻注意国外的疫情信息。根据厚生劳动省的《传染病健康危机管理实施要领》，国立传染病研究所传染病信息中心要从世界卫生组织、美国疾病控制与预防中心以及国内外大学研究机构等收集信息并加以分析，将必要的情况报告给厚生劳动省健康局结核传染病课。

        汇总来的国内外传染病信息除供政府掌握以用于防控外，还会通过各种渠道向一般国民广泛提供。比如传染病信息中心每周都会在其网站上发布《传染病发生动向周报》，每月发布《病原微生物检出信息》。日本广播协会（NHK）在其国际和卫星频道的整点《海外安全信息》中也会提醒即将出国和在国外的日本人注意哪些国家暴发了何种传染病以及如何防范。

        此外，日本人在卫生方面的“挑剔”及良好的卫生习惯也对防范外来传染病起到很大作用。2003年非典在亚洲地区暴发时，日本没有出现一例患者。不少专家认为一个重要原因即在于此。

        但日本在传染病防控方面也存在一些问题。比如生食这个日本饮食特色就为疾病的传播留下了隐患。由于长期以来没有大的传染病流行以及国家整体卫生状况的长期良好，也让很多民众甚至医生的警惕性有所降低。另外，在日本的外国人由于不能享受社会保障，也往往成为医疗防控系统的漏洞。而日本媒体对于注射疫苗副作用的高度关注客观上也促使了疫苗接种率的下降。