据悉，日澳两国外长在会谈中将把日本的捕鲸问题列入会谈议题，共同关注日本在南极海域实施的调查捕鲸活动。在进入2008年以后，澳大利亚等国的环境保护团体以及环保人士也在不断的妨碍和阻止日本的捕鲸行为。日本媒体认为，由于文化根基不同，日本与澳大利亚不会很容易的就捕鲸活动达成谅解和共识。

　　对于日本开展的捕鲸活动，日本首相福田康夫23日在日本参议院大会上，强烈批判了环境保护团体发起的抗议活动。福田称：“(日本的)调查捕鲸活动是在公海上的合法活动。妨碍行为是才是违法的，他们的行为危及到了相关人士的身体与生命。”此前，澳大利亚新任贸易部长克林在22日与日本外相高村正彦举行会谈时曾经表示，日本的捕鲸活动可能会对良好的澳日两国关系带来恶劣影响。与此同时，日本媒体认为，由于欧美媒体反复播放捕鲸时的流血镜头，导致日本驻外国大使馆前和国内水产厅门前多次爆发抗议活动。

　　目前国际捕鲸委员会(IWC，78个成员国)中反对进行捕鲸活动的有42个国家，只有36个国家赞成进行捕鲸。对此，日本外务省表示，在今年3月份的国际捕鲸委员会中期会议中，日本将继续努力寻求支持捕鲸活动的国家。外务省官员称，在会谈中日本将不会与国际捕鲸委员会发生对立，日本将会要求对资源管理进行冷静的讨论。日本方面称，资源管理应该以科学数据为基础。

　　不过有鉴于日本今年7月份将在北海道洞爷湖举行八国峰会。因此对于捕鲸活动，日本政府内部也有观点认为将大大有损日本的国家利益和形象。这些观点认为“主要国家都已经将鲸视为环境保护的象征。如果日本还要继续坚守捕鲸文化，那么这将大大的损害了日本的国家利益和形象。”